Hija de Valentina Sein Urdangarin y Ángel Gómez de Segura Berrueta, nació el 9 de noviembre de 1925 en Donostia. Su padre luchó en el batallón Enlaces y Transmisiones. El 13 de septiembre de 1936 huyó de Donostia junto a su madre y hermanos. Viajaron a Bilbo en un barco pesquero y se instalaron allí hasta la caída de la capital vizcaína, en junio de 1937.

En Bilbao, a pesar de hospedarse en el domicilio de un familiar, necesitaron de la ayuda que ofrecía el Gobierno Vasco a los refugiados de guerra. Debido a dificultades económicas, Esther trabajó repartiendo la revista comunista Euskadi Roja en las calles de Bilbao, al igual que su madre.

Cuando Bilbao estaba al caer, Valentina Sein subió a bordo del Habana a Esther y a sus dos hermanos. Siendo Esther la mayor de ellos, tuvo que hacerse cargo de todos. En Francia vivieron en Paris como niños refugiados. Durante la Segunda Guerra Mundial fueron trasladados a Las Landas. Una vez allí, se pusieron en contacto mediante carta con sus padres y volvieron a Rentería.

Ángel Gómez de Segura fue hecho prisionero en Santander y estuvo encarcelado en Santoña. A su vuelta, la familia pudo reunirse de nuevo al completo.